两校合并与初中下方（两校分离）

1996年，杭州市教委为扩大办学规模，充分发挥重点中学办学效应，将位于玉古路165号的原 “求是中学”并入浙大附中，并该校址作为浙大附中初中部，合并后校名仍为“浙江大学附属中学”。原浙大附中张熊楚、葛敦梅分别担任校长、书记，原“求是中学”校址为浙大附中初中部。

合并后的浙大附中校园面积达53467平方米，共有54个班级，2760名学生，300余名教职员工，这是我校历史上规模最大的时期，也是浙江省当时规模最大的一所完全中学。

2000年4月，杭州市根据教育事业发展的需要，对市属完全中学统一进行了初、高中分离，原浙大附中初中部遂分离出来，在玉古路165号成为一所独立的、隶属于西湖区教育局的初级中学，即今日的杭州市第十五中学。至此，浙大附中成为一所完全高中。

尽管学校的几次调整对正常教育教学工作带来一些影响，但浙大附中始终以大局为重，坚持求是敬业精神，坚持走以内涵发展为主的办学之路。学校相继荣获省先进学校、省一级重点中学、首批创新教育试点学校、浙江省文明学校、二十一世纪中国学校体育发展研究实验学校等荣誉称号。